A NEW PCR-RFLP METHOD FOR THE IDENTIFICATION OF PARENTAL AND HYBRIDOGENETIC WESTERN EUROPEAN WATER FROGS INCLUDING THE Pelophylax perezi-grafi SYSTEM
Angélica Cuevas, Cécile Patrelle, François Ciavatti, Thomas Gendre, Patricia Sourrouille, Philippe Geniez, Paul Doniol-Valcroze & Pierre-André Crochet
Corresponding authors: Angélica Cuevas, angelica.cuevas@evobio.eu; Paul Doniol-Valcroze, pauldoniol-valcroze@orange.fr.   

POMC nuclear marker alignment. The restriction site for the enzyme used (Hinc II) is aligned with the sequences
and its restriction site is indicated in lower case on the first sequence.

Pelophylax_ridibundus_MER7      ATTTGGCCGA AGAAACAGCA CCAGCAATGA CAACAACA-- -------ACG GGGGCTACAA ACGGGAGGAT ATTGCCAACT  [ 80]
Pelophylax_ridibundus_MER8      .......... ..G....... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_ridibundus_CHO509    .......... ..N....... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_ridibundus_CHO539    .......... .......... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_ridibundus_MER6      .......... ..N....... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_lessonae_AHA5        .......... ..G....... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_lessonae_COR500      .......... ..G....... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_lessonae_ROU459      .......... ..G....... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_lessonae_SER518      .......... ..G....... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_lessonae_SER519      .......... ..G....... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_lessonae_AHA3        .......... ..G....... .......... ........-- -------... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_perezi_RIO706        ......T... ..G....... .......... ........AC AACAACA... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_perezi_T6084         ......T... ..G....... .......... ........AC AACAACA... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_perezi_T6088         NNN.N.NN.N .NN.N..N.. N..NNN.NN. ........AC AACA---... .......... .......... ..........  [ 80]
Pelophylax_perezi_T6095         NNNNNNNNNN NNNNNNN... .NNNNNNN.. .N..NN..AC AACAACA... .......... .......... ..........  [ 80]

	Hinc II					 GTYR AC

Pelophylax_ridibundus_MER7      ACCCTATACT GAACCTgtta acTGGCAGCG ACAACCAAAA CACACAGCAG GGTATTATGG AAGATGAGGC AGTGGATAGG  [160]
Pelophylax_ridibundus_MER8      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [160]
Pelophylax_ridibundus_CHO509    .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [160]
Pelophylax_ridibundus_CHO539    .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [160]
Pelophylax_ridibundus_MER6      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [160]
Pelophylax_lessonae_AHA5        .......... .......... ........N. .......... .......... .......... .......... N.........  [160]
Pelophylax_lessonae_COR500      .......... .......... ........N. .......... .......... .......... .......... N.........  [160]
Pelophylax_lessonae_ROU459      .......... .......... ........N. .......... .......... .......... .......... N.........  [160]
Pelophylax_lessonae_SER518      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [160]
Pelophylax_lessonae_SER519      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [160]
Pelophylax_lessonae_AHA3        .......... .......... ........N. .......... .......... .......... .......... N.........  [160]
Pelophylax_perezi_RIO706        ........T. .........C C......... .......... .......... ..A....... .......... T.........  [160]
Pelophylax_perezi_T6084         ........T. .........C C......... .......... .......... ..A....... .......N.. T.........  [160]
Pelophylax_perezi_T6088         ........T. .........C C......... .......... .......... ..A....... .......N.. T.........  [160]
Pelophylax_perezi_T6095         ........T. .........C C......... .......... .......... ..A....... .......N.. T.........  [160]

Pelophylax_ridibundus_MER7      CAAGACAGCA AAAGATCTTA CTCCATGGAG CACTTCCGAT GGGGAAAACC CGTCGGCAAG AAGAGGAGGC CTATCAAAGT  [240]
Pelophylax_ridibundus_MER8      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_ridibundus_CHO509    .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_ridibundus_CHO539    .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_ridibundus_MER6      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_lessonae_AHA5        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_lessonae_COR500      .......... .......... .......... .....N.... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_lessonae_ROU459      .......... .......... .......... .....N.... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_lessonae_SER518      .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_lessonae_SER519      .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_lessonae_AHA3        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_perezi_RIO706        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_perezi_T6084         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_perezi_T6088         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]
Pelophylax_perezi_T6095         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [240]

Pelophylax_ridibundus_MER7      CTTCCCTACA GATGCTGAAG AAGAGTCCTC AGAAATTTTC CCCCTTGAGC TGAGAAGAGA GCTCTCTCTA GAGTTTGACT  [320]
Pelophylax_ridibundus_MER8      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_ridibundus_CHO509    .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_ridibundus_CHO539    .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_ridibundus_MER6      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_lessonae_AHA5        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_lessonae_COR500      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_lessonae_ROU459      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_lessonae_SER518      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_lessonae_SER519      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_lessonae_AHA3        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_perezi_RIO706        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_perezi_T6084         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_perezi_T6088         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]
Pelophylax_perezi_T6095         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [320]

Pelophylax_ridibundus_MER7      ATCCCGACAC CAACTCTGAA GAAGACCTGG ATGATGGCGA GCTGCTAGAT GGCCCAGTTA AAAAAGACAG GAAGTACAAA  [400]
Pelophylax_ridibundus_MER8      .......... .......... .......... .......... N......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_ridibundus_CHO509    .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_ridibundus_CHO539    .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_ridibundus_MER6      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_lessonae_AHA5        ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_lessonae_COR500      ....T..... ....N..... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_lessonae_ROU459      ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_lessonae_SER518      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_lessonae_SER519      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_lessonae_AHA3        ....N..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_perezi_RIO706        ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_perezi_T6084         ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]
Pelophylax_perezi_T6088         ....T..... .......... ......N... .......... ........NN NNNNNCNCNN NNNN.NNNNN NCNNNNNNNN  [400]
Pelophylax_perezi_T6095         ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........  [400]

Pelophylax_ridibundus_MER7      ATGCACCATT TCCG [414]
Pelophylax_ridibundus_MER8      .......... .... [414]
Pelophylax_ridibundus_CHO509    .......... .... [414]
Pelophylax_ridibundus_CHO539    .......... .... [414]
Pelophylax_ridibundus_MER6      .......... .... [414]
Pelophylax_lessonae_AHA5        .......... .... [414]
Pelophylax_lessonae_COR500      .......... .... [414]
Pelophylax_lessonae_ROU459      .......... .... [414]
Pelophylax_lessonae_SER518      .......... .... [414]
Pelophylax_lessonae_SER519      .......... ..?? [414]
Pelophylax_lessonae_AHA3        .......... .... [414]
Pelophylax_perezi_RIO706        .......... .... [414]
Pelophylax_perezi_T6084         .......... .... [414]
Pelophylax_perezi_T6088         NNNNNNNNNN NNNC [414]
Pelophylax_perezi_T6095         .......... .... [414]